2000年，我省建立了三江源自然保护区，2001年，成立了三江源自然保护区管理局，2003年，随着三江源晋升为国家级自然保护区，保护区管理局升格为副厅级机构，全面履行国家级自然保护区保护管理职能。三江源保护区管理局成立13年来，在省林业厅的领导下，始终以强化保护区保护管理、加快保护区建设、促进保护区发展、努力构建高原生态安全屏障为抓手，通过建立制度，落实保护管理措施和责任，认真组织开展了保护区各项保护管理、宣传教育、科研监测、巡护执法等工作，并履行三江源生态保护和建设工程林业项目组办公室职责，做好三江源工程林业项目组织实施工作，保护区各项保护管理和建设工作取得了明显成效。在国家投资的支持下，在保护区管理局的不懈努力下，这方净土发生了极为深刻的变化，一山一水、一草一木得到了很好的保护，森林生态系统、湿地生态系统、生物多样性等得到有效保护和修复，民生发展得以改善，群众生产生活水平得以提高，经济社会逐步走向可持续发展道路。2010年9月份，保护区管理局加入了长江湿地保护网络，国家林业局授予“长江湿地保护先进集体”称号，2009年，省政府授予“三江源工程实施先进集体”称号。
一、强化基础工作，保护管理工作取得实效。
(一)保护区管理局同国际环保组织和当地民间环保组织联合，积极主动开展社区共管活动，和保护国际、起步高原、CI(山水)、ECBP—生物多样性保护、三江源生态环境保护协会等组织合作，在索加—曲麻河野生动物保护分区曲麻莱县曲麻河乡措池村、治多县索加乡君曲村等多个试点村开展社区共管试点，探索出了一条适合三江源保护区的社区共管工作新方法、新思路、新模式，积累了丰富的经验，并在曲麻莱县曲麻河乡多秀村、玛沁县雪山乡阴柯河村等地进行推广。目前，三江源保护区社区共管工作已得到国内和国际社会的广泛好评和认可。
(二)与中国林业科学研究院、中国科学院西北高原生物研究所等多家科研部门协作，积极开展保护区科研监测和巡护执法工作，利用其科技力量开展了多个保护分区野生动植物资源调查调查工作，实施了扎陵湖、鄂陵湖国际重要湿地科研监测工作，一大批调查和科研监测成果为保护区的有效保护和管理发挥了积极作用。同时，保护区管理局加强与可可西里、西藏羌塘、新疆阿尔金山等兄弟保护区的协作，强化联合执法，在保护区范围内开展了多次以保护藏羚羊为主的联防活动，建立了联席会议制度，形成了保护管理、执法打击等方面的长期合作机制。
(三)加强保护区宣传教育力度。保护区管理局高度重视宣传教育工作，探索开展了一系列具有广泛影响力的宣传活动，以媒体宣传、对外宣传合作、基层宣传为主，大力宣传保护区保护管理法律法规和工作成效，并利用世界湿地日、“保护母亲河”、“绿色奥运”、“爱鸟周”、“野生动物保护宣传月”、“环湖赛”等平台进行宣传，通过广泛深入的宣传，使得全社会尤其是当地群众的生态保护意识逐步增强。在教育方面， 2005-2013年间，保护区管理局和基层管理站共组织省内外各类培训班20余次，累计培训专业技术人员500余人次，培训社区群众和管护人员5000余人次。
(四)根据国家林业局和省野生动物疫源疫病监测机构的相关要求，做好保护区范围野生动物疫源疫病监测工作。重点对索加-曲麻河、隆宝湖、扎陵湖—鄂陵湖三个重点监测区进行了常年不间断监测，制定了应急预案和监测制度，实行了严格的每日报告制度、信息反馈制度和节假日值班制度，监测工作取得实效，有效防止了禽流感等野生动物疫源疫病在保护区内的发生和蔓延。
二、强化巡护执法，违法犯罪行为得到有效遏制。
按照《自然保护区条例》的相关规定，保护区管理局依法履行保护管理和执法监督职能，协调基层林业和森林公安部门，组织基层管护站点开展了保护区巡护管理、宣传教育、执法监督、社区共管及生态监测等工作，探索建立了一套保护区行之有效的保护管理模式，有效遏制了保护区内的乱砍滥伐、乱采滥挖、乱捕滥猎等行为，为自然资源和生态保护发挥了积极作用。多年来，保护区管理局对资源勘探开发和经济建设类项目进行了有效监管，对400余个探矿普查、开矿、水利工程及道路建设等项目进行了位置审核，取缔多个涉及保护区核心区和缓冲区的违规开采建设项目，对多个涉及保护区实验区的项目按程序履行了行政许可手续。为加强保护区执法打击力度，与省、州森林公安部门联合，在保护区范围内分别开展了“春雷行动”、“护草行动”、 “支持奥运，保护藏羚”行动、“三江源行动”、“绿盾二号行动”、“铁拳行动”等一系列针对破坏自然和生态资源行为的专项打击活动，2003-2013年，保护区范围累计受理各类破坏森林和野生动物等案件2000余起，打击处理人员3000余人次，有力地保护了三江源区的森林和野生动植物资源。
三，强化工程管理，林业项目实施成效明显。
保护区管理局认真履行三江源自然保护区生态保护和建设工程林业项目组职责，承担了多项三江源工程林业项目的组织实施工作，截至目前，共组织实施完成退耕还林(草)、封山育林、沙漠化防治、湿地保护、保护管理设施与能力建设、森林防火、野生动物保护7大类项目林业工程，完成投资近7亿元。通过林业生态项目和能力建设项目实施，取得积极成效。
(一)林地面积逐步扩大，森林生态功能增强。通过拉设围栏和5-8年的封护管理等措施，退耕还林、封山育林、森林防火项目实施区大面积的灌丛地、疏林地和宜林地免遭牲畜践踏和人为破坏，林草植被得以保护和恢复，年生长量增加，覆盖度提高，其水土保持和水源涵养能力增强，生态功能逐步恢复。
(二)荒漠生态系统和重点沼泽湿地得到修复。三江源工程在索加-曲麻河、扎陵湖-鄂陵湖和星星海3个保护分区实施了沙漠化土地防治项目，通过生物措施和机械措施相结合，自然恢复和人工辅助措施相结合，局部地区沙化扩大趋势得到有效遏制，一些流沙地通过机械固沙实现了固定，一些沙荒地通过封育和补植，植被盖度开始增加，防风固沙能力开始增强;同时,重点沼泽湿地保护项目通过人工恢复植被和封育管护等有效措施，减少了重点沼泽湿地区因过度放牧等人为造成的破坏，使自然资源得到了有效保护，植被盖度开始增加，生物多样性开始恢复，湿地功能逐步增强。
(三)保护管理体系逐步形成，管护设施和能力得到提升。近年来，国家斥巨资实施了一大批三江源自然保护区基础设施和能力建设项目，其三级管理机构包括基层管理站点的业务用房和管护设施、重点林区的防火设施得以修建，17个管理站和53个管护点基础设施现已建成投用，16个县森林防火储备库建设完成，重点林区防火设备装备配备到位，森林防火水平大幅提高；保护区界碑界桩、野生动物巡护项目全面启动，保护区网络视频监控系统初步建成，数字保护区工作有序推进，随着各项目的建成和保护管理体系逐步完成，为下一步实现三江源保护区全面有效保护管理奠定了坚实基础。