公元1645年(清顺治二年)清军进入西宁。清朝初年西宁行政建制仍沿袭明朝。1724年(雍正二年)清政府平定了发生在青海境内的罗h藏丹津叛乱事件，第二年改西宁卫为西宁府(治今西宁)，辖西宁(治今西宁市)、碾伯(治今乐都碾伯镇)二县及大通卫(治今门源县城)。1761年(清乾隆二十六年)改大通卫为大通县(治今大通城关)。以后又相继建立了巴燕戎格厅(治今化隆)、贵德斤(治今贵德)、丹噶尔厅(治今湟源)和循化厅(治今循化)，到1829年(清道光九年)，西宁府辖三县四厅，辖境包括茱部农业区及黄南藏族自治州的大部分地区。西宁县的辖地除今西宁市外，还包括今湟源、湟中、大通、互助、平安等，西宁一直处于河湟地区政治、经济、文化的中心和军事重镇的地位。
