公元1227年太祖成吉思汗亲率蒙古军队南渡黄河攻占积石州,三月占领西宁州,从此,西宁并人蒙古帝国(即后来的元朝)的统治。元代除京师附近地区直隶中书省外,在全国设十行中书省(简称行省)为地方最高行政建置,西宁州隶属于甘肃行省所辖七路二州之一。元朝撤消金、夏时的乐州,将原乐州所辖地区并入西宁州。这样,整个湟水流域统由西宁州管辖。公元1 286年(元至元二十三年)元朝政府在今西宁设立西宁拘榷课程所,负责管理西宁等地赋税征收、市场贸易及钱粮转运等。