公元1227年太祖成吉思汗亲率蒙古军队南渡黄河攻占积石州，三月占领西宁州，从此，西宁并人蒙古帝国(即后来的元朝)的统治。元代除京师附近地区直隶中书省外，在全国设十行中书省(简称行省)为地方最高行政建置，西宁州隶属于甘肃行省所辖七路二州之一。元朝撤消金、夏时的乐州，将原乐州所辖地区并入西宁州。这样，整个湟水流域统由西宁州管辖。公元1 286年(元至元二十三年)元朝政府在今西宁设立西宁拘榷课程所，负责管理西宁等地赋税征收、市场贸易及钱粮转运等。
