办公室（景区协作办公室）
 　　负责机关文电、会务、保密、信访、督查督办、新闻发布、政务公开、应急管理、信息网络、后勤事务等工作。负责景区县、乡(镇)政府和有关单位相关事务的沟通与协调工作。

规划建设处
 　   拟订青海湖景区发展战略、中长期发展规划，编制年度计划；提出景区发展有关政策建议；负责景区经济运行分析；承担景区基础设施建设项目编制和项目申报工作；负责景区基础设施、公共设施和工农牧业及民用设施规划的审批工作。承担景区建设项目招商引资的具体工作。

旅游管理处  
 　   研究拟订景区旅游市场开发规划，负责景区内旅游经营项目审批工作；负责景区乡村旅游网点布局和规范管理；组织景区旅游整体形象对外宣传、旅游市场宣传营销活动和景区旅游产品研发；策划、承办景区内开展的各类旅游活动；监督管理导游队伍和旅游服务质量；负责旅游安全，协调处理重大旅游投诉，指导旅游应急救援工作。

自然资源与环境保护局
　　负责景区内自然资源与生态环境保护工作，组织开展景区野生动植物资源、湿地和荒漠的调查、动态监测和评估；依法组织、管理野生动植物保护、栖息地恢复、疫源疫病监测；负责管辖范围内环境保护工作，监督检查对生态环境有影响的自然资源开发利用活动；指导和协调解决景区内重大环境问题，依法查处环境污染事故和生态破坏事件；负责管辖范围内环境影响评价报告的审核报批工作。 财务统计处
 　   编报局本级及二级预算单位部门预决算并组织执行；负责局本级财务管理、会计核算和编报各类财务报表工作；指导、监督系统内财务、国有资产、政府采购和行政事业性收费管理工作；编制政府采购计划；承担对所属单位财务收支及其有关经济活动的监督，组织开展统计和内部审计工作；提出扶持景区旅游业发展的财政、金融等有关政策建议。

执法局
 　   组织起草景区有关法规和政府规章草案；承担景区行政复议和行政应诉工作；承担法律法规的宣传普及工作；依照景区保护相关的法律法规和规章，在景区范围内开展规划管理、旅游市场整治、生态环境保护和路政等行政执法工作，并赋予行政处罚权；参与配合相关执法部门查处重大案件。
青海湖海事局(挂青海湖水运管理局牌子)
 　   组织实施国家水上安全监督管理的政策法规和规范、标准，拟订辖区内有关海事管理的法规规章；负责青海湖通航水域水上安全，防止水上船舶污染；负责辖区内船上工作人员安全生产和适任资格培训工作；负责组织、协调区域内的搜救行动，处理海上搜救中心日常业务；依法调查处理辖区内水上交通事故；负责水上运输监管工作，监督检查辖区码头、航道、泊位安全，应急处理辖区水域内有碍通航秩序、影响通航环境的异常情况。

人事处
 　   承担组织（人事）、机构编制、教育培训、离退休干部管理等工作。

机关党委
　　负责局机关和所属单位党群工作；负责局系统精神文明建设及民族团结进步工作。